1000万件大内秘档，第一次向社会公开：其中记载有二十几万人的家族宗谱、仅存的皇帝传位遗诏、长达1000米的刑科题本、比巴掌还小的康熙演算后妃年龄的纸片、至今尚未开启的外国来函……
《清宫秘档》第一次将这些珍贵历史资料公开于荧屏，一扫由来已久的种种迷雾、疑团，还历史以本来面目。。这部电视片沿循清王朝260余年由盛而衰的历史轨迹，围绕顺治出家、太后下嫁、雍正继位、乾隆身世、光绪之死等24个民间流传最广、各路野史最多的清宫秘闻，披露了大量有关清王朝历史人物、历史事件的原始记录，人们从中可了解许多重大事件的来龙去脉，获知真正的历史原貌，走出各种民间传闻和影视节目的演义戏说。
康熙皇帝驾崩，皇位传给了四皇子胤禛，年号雍正。但许多人认为雍正不是继位而是篡位。说法有三：胤禛(雍正)利用献药的机会毒死父亲，此其一；康熙原定十四皇子继位，但隆科多假传谕旨，传位给胤禛，此其二；隆科多偏袒胤禛，将谕旨“传位十四皇子”改为“传位于四皇子”，此其三。雍正究竟是继位还是篡位？宫廷斗争错综复杂，至今仍是史学界争论不休的问题。
《清宫秘档》中披露了中国第一历史档案馆的康熙遗诏。这里写着：“雍亲王皇四子胤禛，人品贵重，深肖朕躬，必能克承大统。着继朕登基，即皇帝位。”这里，我们先不考虑这份遗诏是不是出自康熙之手，仅从它的写法来看，改成“传位于四皇子”是完全不可能的事。
这是“戏说”清宫剧中最常利用的噱头。顺治皇帝的母亲，康熙皇帝的祖母，一生辅佐夫君、全力帮助子孙两代皇帝治国安邦的她死后却没能与丈夫皇太极合葬，甚至陵墓都被安排在葬有众多皇帝与后妃的陵区之外，据说就是因为她下嫁给了小叔子多尔衮。但是《清宫秘档》用其翔实的史料告诉观众，孝庄皇太后比窦娥还冤！皇太极死后，她根本就没有再嫁，遑论改嫁小叔子！
雍正皇帝在58岁时突然暴亡，给历史留下了一个谜团。大量野史和戏说的影视作品中提出“侠女吕四娘行刺说”，部分史学家经过研究认为雍正是中风死的。然而，《清宫秘档》则认为雍正真正的死因是“丹药中毒”。如此勤政务实的皇帝，居然一辈子迷信炼丹，却让吕四娘冤枉背了一百多年的“弑君”罪名。
《宰相刘罗锅》让和珅与刘镛这两个个性鲜明的人物家喻户晓，但其中许多故事属于“戏说”，与历史不符。乾隆皇帝不算昏君，作为他的宠臣的和珅贪财敛财不假，但说他平庸无能却真是冤枉。《清宫秘档》展示的相关奏折、公文等证实这个大贪官其实颇有真才实学。
38岁的傀儡皇帝光绪和听政多年的慈禧太后在两天之内先后死去，关于光绪死于非命的猜测在清宫剧中也莫衷一是。有的说是慈禧在临死前一日将光绪害死，有的说是李连英平时欺负光绪，怕靠山慈禧死后自己倒霉，便在慈禧死前将光绪谋杀，还有说法是袁世凯在戊戌变法时出卖了光绪，也怕慈禧死后光绪报复他而将光绪毒死……但是《清宫秘档》将摆出清宫太医留下的“脉案”及光绪本人亲书的“病原”，证实光绪属于正常的病亡。……