谜团三：出发地和目的地？
南澳岛是从广东、福建一带的港口出口必经之地，目前尚不能断定“南澳一号”从南澳还是从漳州等地出发。南澳海域位于海上东亚古航线的十字路口，向北航行可到日本、朝鲜，向东可抵达菲律宾群岛，向南越过印尼等南洋各国，更远可抵达欧洲、非洲。“南澳一号”装载的主要是福建平和窑，据此可判断这艘船肯定不是去欧洲的。此前在东南亚等国发现过大量类似风格的瓷器，船只最可能的行驶方向是东南亚。另外，“南澳一号”出水瓷器中也有在非洲发现的相同文物，按此推理，“南澳一号”的目的地也可能是非洲或印度洋。
谜团四：身世说法为何多？
“南澳一号”的身世有多种说法。打捞中曾出水不少铜件，但明朝时是禁止铜等金属出口的。有专家认为，这可能是当时的走私物品，并由此推断“南澳一号”可能是走私船。与此同时，“南澳一号”还出水了不少铁锅，这类铁锅在海底是一摞一摞的，数量很多。按照明律，铁锅在明代也是明确禁止出口的。这些铁锅是如何上了陶瓷船，是公然走私，还是顺便夹带？国家水下文化遗产保护中心研究员孙键表示：“不像是正常的出口贸易行为。”
就在铜、铁之谜未解之时，海底又发现疑为铁手铳或铁铳炮圆筒状的铁质文物，它是正常贸易船随船配备的武器，还是某种半商半武的海商集团携带的武器，或者就是武装走私船，有待进一步研究考证。国家文物鉴定委员会副主任委员耿宝昌表示，明代海盗猖獗，很多商船配有铁铳一类的武器，起一个保护作用，这并不稀奇。国家博物馆副馆长张威也认为：“出现铁铳不好说就是走私。”
谜团五：为何会沉睡海底？
“南澳一号”为何会沉睡海底？专家认为，海上恶劣环境、海盗内讧还有船只超载都可能是原因。古代中国的船只远航一般都有固定的配置，最底下放金银器，中间船舱放银锭、瓷器等，上边放一些铁器，每次远航都尽量装满货物，不少船只铤而走险，吃水太深就可能翻船。“南澳一号”水下考古队队长崔勇根据打捞遇到的情况推测，这片海域天气变化莫测，海况复杂，离岸近，“南澳一号”当时也很可能是触礁沉没的。
目前对“南澳一号”本身的研究仅限于朝向方位和尺寸大小。从探摸情况看，“南澳一号”较为平稳地沉在海底，船型大且完整度较好。随着水下发掘的进一步进行，特别是船体现身后，沉没的原因估计能找到。